Drugi sezon zaczyna się tuż przed kolejną Falą, gdy Naofumi i jego drużyna nie mają już czasu na odpoczynek. Odliczanie nagle się zatrzymuje, a królowa Melromarcu wiąże te zakłócenia z przebudzeniem Żółwia Ducha – istoty zdolnej pochłonąć całe królestwo.

Spośród czterech Kardynalnych Bohaterów tylko Bohater Tarczy zgadza się ruszyć na tę wyprawę. Kinema Citrus prowadzi opowieść w stronę wątków mitologicznych i nowych towarzyszek, nie porzucając przy tym tego, co wyróżniało pierwszy sezon: nieufności Naofumiego wobec świata, który raz już go skazał.