Choć Hibikiemu i załodze udało się pokonać ogromny okręt Ziemi na koniec pierwszej części, wkrótce potem dostrzegają pięć kolejnych pancerników zmierzających ku ich rodzimym planetom, Mejeiru i Tarahk. Załoga statku Nirvana odkrywa, że ich domy stanęły w obliczu zagłady.

By ocalić oba światy, mężczyźni i kobiety z Nirvany — mimo dzielących ich uprzedzeń — muszą nauczyć się prawdziwej współpracy. Vandread: The Second Stage to pełna akcji, humoru i mecha kontynuacja kosmicznej opowieści, w której walka o przetrwanie splata się z rodzącymi się uczuciami i przełamywaniem podziałów między płciami.