Współczesne Tokio zawdzięcza spokój tajnej organizacji wykorzystującej wyszkolone od dzieciństwa agentki Lycoris. Po nieudanej misji zdyscyplinowana Takina Inoue zostaje przeniesiona do kawiarni LycoReco. Tam pracuje z pogodną Chisato Nishikigi, która jest znakomitą agentką, lecz unika zabijania. Wspólne zlecenia ujawniają zagrożenie dla całego systemu. Lycoris Recoil łączy dynamiczną akcję, codzienny humor i rozwijającą się przyjaźń bohaterek.