Kanji Sasahara to student pierwszego roku, który skrycie pasjonuje się mangą, anime i grami, lecz długo nie potrafi przyznać się do bycia otaku. Postanawia zapisać się do szkolnego koła Genshiken — Stowarzyszenia Badania Współczesnej Kultury Wizualnej — by wreszcie otwarcie dzielić się swoimi zainteresowaniami.

W klubie poznaje barwną gromadkę: przewrotnego Madarame, ekscentrycznego twardogłowego otaku Kosakę i innych, a wspólne wyprawy do sklepów z dōjinshi oraz na konwenty stopniowo pomagają mu zaakceptować samego siebie. Genshiken to ciepła, obyczajowa komedia o fandomie, przyjaźni i odnajdywaniu swojego miejsca wśród ludzi o podobnej pasji.