Ken Kaneki opuszcza Anteiku i dołącza do organizacji Aogiri Tree, wybierając drogę, która ma dać mu siłę potrzebną do ochrony bliskich. Jego decyzja pogłębia konflikt między ghulami a CCG i oddala go od Touki oraz dawnego życia.

Tokyo Ghoul √A przedstawia alternatywny rozwój wydarzeń po pierwszym sezonie. Skupia się na przemianie Kanekiego, działaniach Aogiri i tragedii narastającej po obu stronach konfliktu.